พระญาณดิลก  (สมณศักดิ์ของพระธรรมปาโมกข์ขณะนั้น)    

ซึ่งเป็นเจ้าอาวาสวัดธาตุทองได้ทราบถึงความยากลำบากของนักเรียนที่ต้องเดิน      ทางไกล เพื่อไปเรียนต่างอำเภอ เนื่องจากขณะนั้นอำเภอพระโขนงยังไม่มีโรงเรียน    ระดับมัธยมศึกษาท่านจึงได้ปรารภกับคุณสอาดและคุณมะลิ ธรรมสโรช  ถึงเรื่องดัง    กล่าวคุณสอาดและคุณมะลิ มีจิตศรัทธา จึงได้ถวายเงิน จำนวนเงิน 50,000 บาท    เพื่อสร้างโรงเรียนมัธยมขึ้น

    อาคาร 1   สร้างเมื่อ พ.ศ. 2511 เป็นตึก 3 ชั้นดยพระญาณดิลกได้อนุญาต   ให้ใช้ที่ดินของวัด 560 ตารางวา (ปัจจุบัน คืออาคาร 1,2 และ 3)   ก่อสร้าง         โรงเรียนเป็นเรือนไม้ 2 ชั้น  เปิดเรียนครั้งแรกวันที่ 17 พฤษภาคม  

2494 โดยมีนายผ่อง  อนันตกุล  เป็นครูใหญ่คนแรกของโรงเรียน   โรงเรียนได้พัฒนาขึ้นเรื่อย ๆ  จากจำนวนนักเรียนที่ไม่ถึง 300 คน    มาจนกระทั่งมีนักเรียนประมาณ 2,000 คน อาคารเรือนไม้เดิมได้ถูกรื้อทิ้งและสร้างเป็นอาคารใหม่  คืออาคารคอนกรีตประกอบไม้ จำนวน 3 หลัง ได้แก่

อาคาร 2   สร้างเมื่อ พ.ศ. 2512 เป็นตึก 4 ชั้น ต่อเติมเมื่อ พ.ศ. 2513

อาคาร 3   สร้างเมื่อ พ.ศ. 2520 เป็นตึก 4 ชั้น

ต่อมาเนื่องจากจำนวนนักเรียนเพิ่มมากขึ้น พระเทพญาณกวี (สมณศักดิ์ของพระธรรมปาโมกข์ขณะนั้น)  ได้กรุณาอนุญาตให้ใช้เนื้อที่ประมาณ 2 ไร่ ซึ่งเนื้อที่ดังกล่าวอยู่ห่างจากอาคาร 1,2 และ 3 ประมาณ 400 เมตร  เพื่อสร้างเป็นอาคาร 4 ในปี พ.ศ.2521 เป็นที่เรียนของนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายในปี พ.ศ. 2533 ได้สร้างตึกอเนกประสงค์ 5 ชั้น เพื่อเป็นที่เรียนวิชาพื้นฐานวิชาชีพ    และเพื่อเป็นสิริมงคลจึงได้ตั้งชื่ออาคารนี้ว่า  อาคารพระธรรมปาโมกข์ (นพ อังกุรปัญญา)

      ปัจจุบันโรงเรียนมัธยมวัดธาตุทองเป็นโรงเรียนประเภทสหศึกษาขนาดใหญ่ ตั้งอยู่เลขที่ 1325 ถนนสุขุมวิท แขวงพระโขนงเหนือ เขตวัฒนา  กรุงเทพมหานคร  สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา กรุงเทพมหานครเขต 2 มีเนื้อที่รวม 4 ไร่ 396 ตารางวา  โดยแบ่งพื้นที่ออกเป็น 2 บริเวณ บริเวณแรกตั้งอยู่ทางด้านหน้าวัดธาตุทอง ประกอบด้วย อาคาร 1, 2 และ 3 และอีกบริเวณตั้งอยู่ทางด้านหลังวัดธาตุทอง ประกอบด้วย อาคาร 4 และ 5 เปิดสอนตั้งแต่ มัธยมศึกษาชั้นปีที่ 1-6 จำนวน 42 ห้องเรียน ปัจจุบัน มีนักเรียน 1,581 คน  ครู  60  คน  พนักงานราชการ 1 คน ครูอัตราจ้าง 11 คน ครูพิเศษ  1 คน ครูต่างชาติ 5 คน เจ้าหน้าที่สำนักงาน  5 คน   ลูกจ้างประจำ 7 คน  ลูกจ้างชั่วคราว 5 คน   โดยมีผู้บริหารคนปัจจุบัน คือ นางสคราญจิต  ศริญญามาศ  ผู้อำนวยการโรงเรียนมัธยมวัดธาตุทอง